Les boycotts ont un coût direct pour les universités. Par exemple, la Floride a inscrit des universités belges sur une liste noire pour avoir boycotté Israël. La rectrice de l’Université de Gent Petra De Sutter a admis que son université a perdu de nombreux partenariats et évoque la diminution du nombre de projets de recherche, des financements alloués à la recherche et du nombre de doctorats.

La politisation croissante des universités pourrait changer la perception publique et gouvernementale des institutions et de l’expertise académiques. Les universités pourraient devenir des cibles politiques, ce qui affecterait leur financement. La confiance envers les diplômés pourrait s’éroder, alimentant le ressentiment populaire envers les élites et contribuant à la montée du populisme.

Plus important, si l’expertise académique et scientifique devenait perçue comme politiquement orientée, sa crédibilité en tant que fondement objectif des délibérations publiques serait gravement compromise. Les conséquences à long terme de l’abandon de la neutralité institutionnelle par les universités au profit de l’activisme politique justifient donc un examen approfondi et soutenu.

Face à ces menaces, plus de 160 universités américaines, dont Columbia, Cornell, Harvard, Princeton et Stanford, ont officiellement adopté en 2024 et en 2025 des politiques de neutralité ou de retenue institutionnelle. En France, Luis Vassy, directeur de Sciences Po Paris, a imposé en 2025 un principe de « réserve institutionnelle » afin de préserver la pluralité d’opinion et l’organisation de débats pluralistes sur le campus. Certains auteurs dénoncent ces choix comme étant une « stratégie fondée sur la peur » servant un agenda politique conservateur et un « mécanisme pour échapper à la responsabilité, masquer le pouvoir et perpétuer l’inégalité ».

Les débats sur la neutralité institutionnelle et les boycotts académiques sont donc loin d’être clos. Ils dépassent le cadre du conflit israélo-palestinien et ont pour enjeu la redéfinition des missions des universités.

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