Le Mossad a eu des succès extraordinaires qui se poursuivent actuellement. Mais cet organisme connut aussi certains échecs retentissants. Le , à Lillehammer (Norvège), dans le cadre de l’opération Colère de Dieu, le Mossad assassine par erreur Ahmed Bouchiki, un serveur marocain, présentant une ressemblance frappante avec Ali Hassan Salameh, cerveau du massacre de 1972. Les agents impliqués dans cette opération sont arrêtés par la police.
Cinq d’entre eux furent reconnus coupables et condamnés à de courtes peines de prison, bien que le gouvernement israélien ait nié avoir une quelconque responsabilité dans cette opération. Cependant en 1996, Israël versa à la famille Bouchiki des dommages-intérêts.
Plus récemment, à la suite de la controverse sur la responsabilité des services de renseignements dans l’assassinat d’Yitzhak Rabin en , le directeur général du Mossad, Shabtaï Shavit est poussé à la démission. Le général Danny Yatom lui succède.
S. Pinhas, âgé de 22 ans, Rav Samal « Officier » dans l’armée de Tsahal sera capturé et fait prisonnier en Syrie en 1973 pendant la guerre de Yom Kippour, à sa libération il intègre le Mossad y est formé et son rôle sera déterminant dans l’arrestation en 1992 au Liban de deux dirigeants importants du « Hamas ».[réf. nécessaire]
Le , deux agents passent la frontière entre Israël et la Jordanie munis de passeports canadiens, pour vaporiser4 un poison sur l’un des leaders politiques du Hamas, Khaled Mechaal. Après avoir exécuté leur mission, les deux agents sont découverts. La Jordanie négocie leur libération contre l’antidote du poison, qui permettra au numéro deux du Hamas de survivre, et la libération du fondateur du Hamas, le cheikh Ahmed Yassine.
